目次
第1章 NGS解析~バリアント検出(研究目的に応じたデータ取得―WGSかWESか?必要なデータ量は?;データ解析環境に関する基礎知識―ラップトップかスパコンか?;全ゲノムシークエンシングのバリアントコール―トリオ家系のゲノム解析;構造多型の検出―smooveを用いたSVコール;コピー数バリアントの検出―GATK-gCNVを用いたCNVコール)
第2章 一次処理~アノテーション(bcftoolsを用いたVCFの整形;SnpEffとSnpSiftによるVCFのアノテーションと操作;vcfannoによるVCFのアノテーションと操作)
第3章 AI等を活用した原因/リスク遺伝子同定(slivarによる希少難病家系のVCF分析;Exomiserによる希少難病家系のVCF分析;症例対照研究におけるレアバリアント関連解析;STAARpipelineによる多因子遺伝疾患のレアバリアント関連解析)
第4章 原因/リスク遺伝子同定後の解析(希少疾患の原因遺伝子同定に向けた大規模データの利用;PRS/PGS計算;絶対リスク計算;メンデル無作為化による因果推論;タンパク質立体構造を用いたバリアントの臨床的意義の検討)
第5章 全ゲノム解析時代を支える基盤技術(半導体技術による次世代シークエンシングの高速化;量子時代におけるゲノム解析データのセキュアな活用;スーパーコンピューター富岳での大規模計算―スーパーコンピューター富岳へプログラムを移植するにあたって)
著者等紹介
田宮元[タミヤゲン]
1998年名古屋大学大学院理学研究科満了(理学博士)、東海大学医学部助手、同助教授、産業技術総合研究所研究員、徳島大学大学院ヘルスバイオサイエンス研究部特任教授、山形大学医学部教授を経て、2013年より現職。人類遺伝学、集団遺伝学、遺伝統計学、ゲノム科学を専門とする。ゲノム医療に貢献するとともに、人間の未来の進化を考えたい(本データはこの書籍が刊行された当時に掲載されていたものです)
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